คิระ ยามาโตะ หรือชื่อจริง คิระ ฮิบิกิ เกิดจากการทดลองของบิดา (ยูเรน ฮิบิกิ) และ มารดา (วีอา ฮิบิกิ) ซึ่งระหว่างนั้นกำลังตั้งท้องคางาริเช่นกัน สองสามีภรรยานักวิทยาศาสตร์ เพื่อสร้างสุดยอดโคออร์ดิเนเตอร์ขึ้น การเกิดของคิระนั้นไม่เหมือน โคออร์ดิเนเตอร์ทั่วไปที่เกิดจากการตั้งท้องของมารดา แต่เป็นเครื่องจักรที่ถูกสร้างพิเศษเพื่อการนี้โดยเฉพาะ

คิระนั้นเป็นเพียงคนเดียวเท่านั้นที่ประสบผลสำเร็จจากการเสียสละของพี่น้องจำนวนมหาศาล หลังจากนั้นไม่นานพ่อแม่ของคิระก็ถูกสังหาร วีอา ฮิบิกิ ได้ฝาก คิระกับคางาริให้กับสองสามีภรรยายามาโตะซึ่งได้หลบหนีจากโคโลนี เมนเดล ก่อนถูกกองทัพบลูคอสมอสจัดการ หลังจากนั้นคิระได้เติบโตเป็นเด็กหนุ่มที่ไม่เคยรู้เรื่องราวในอดีตของตนเอง จนกระทั่งการต่อสู้กับราอู เลอ คลูเซ่ที่ L4 ซึ่งก็คือ โคโลนีเมนเดลนั้นเอง ทำให้เขาได้รับทราบความจริงทั้งหมด ทั้งเรื่องที่เขาเป็น สุดยอดโคออร์ดิเนเตอร์ หรือ จากคางาริ เรื่องที่ทั้งสองเป็นพี่น้องฝาแฝดกัน